На протяжении своей шестивековой истории Иаково-Железноборовский монастырь обладал значительным количеством подворий.
 
Первым среди них необходимо упомянуть Введенскую Брылееву пустынь , находившуюся в четырех верстах к юго-востоку от монастыря, при большой Костромской дороге. 
Известно, что она основана в XV столетии прп. Иаковом Брылеевым, почивающим здесь, «учеником преп. Иакова Железноборовскаго» - на месте, куда преподобный временами удалялся из обители для безмолвия.
Преподобный Иаков Брылеевский в настоящее время причислен к лику общероссийских святых, его память совершается 11(24) апреля, в день преставления прп.  Иакова Железноборовского.

Монастырь имел также следующие подворья:

- Спасский Александров монастырь в селе Коровново Солигаличского уезда.  Эта обитель была основана прп. Александром Вочским (местночтимым костромским святым), приписана к Железноборовскому монастырю в 1724 г., в 12 км от Солигалича. В настоящее время упразднена.
 
- Благовещенский Ферапонтов монастырь на устье реки Монзы .
Ферапонтов монастырь был приписан к Иаково-Железноборовскому также в 1724 году. Он расположен в 45 км севернее Буя. Основан в XVI в. монахами Адрианом и Феодосием. Позже, при пришествии на это место инока Ферапонта из Костромского Крестовоздвиженского монастыря, он стал настоятелем этой обители. Все три инока причислены к лику общероссийских святых, наиболее почитается из них прп. Ферапонт Монзенский (память 12(25) декабря и 27 мая (9июня)). Ферапонтов монастырь, окончательно закрытый после революции, ныне, с 2005 года вновь приписан в качестве подворья к Железноборовскому монастырю распоряжением Архиепископа Костромского и Галичского АЛЕКСАНДРА. Статуса самостоятельной обители он, таким образом, сейчас не имеет. Там сохранился главный храм в честь Воскресения Христова с Благовещенским приделом. В этом храме под спудом находятся мощи прпп. Ферапонта, Адриана и Феодосия Монзенских. Кроме храма, сохранилось насколько полуразрушенных хозяйственных построек. Храм имеет статус памятника местного значения.

Благовещенский приход,  являющийся историческим преемником Благовещенского Ферапонто-Монзенского мужского монастыря и подворьем Иаково-Железноборовского монастыря, имеет свой сайт http://www.obitel-monza.ru/ .

- Симеоновский монастырь в г. Костроме.  
В 1748 г. указом епископа Костромского Сильвестра был передан под подворье Иаково-Железноборовского монастыря в Костроме, «по случаю присутствия в духовной консистории игуменов Железноборовского монастыря» . Уже в XIX  в. монастырь был упразднен и на его месте была выстроена каменная церковь в честь Феодоровской иконы Богоматери с приделами Богоотцев Иоакима и Анны и св. Симеона Столпника. До наших дней церковь, разрушенная в 1930-е гг., не сохранилась.